A 19–20. század fordulójára teremtődtek meg a filozófia hazai művelésének nyelvi, intézményes és kulturális feltételei. Önálló filozófiai fórumok jöttek létre, és magyar nyelvő filozófiai periodikák kezdték meg működésüket. Ezek sorába tartozott a Bölcseleti Folyóirat is. 1886 és 1906 között jelent meg Kiss János szerkesztésében, aki a Bölcseleti Folyóirat kiadása mellett a Szent István Társulat igazgatója és a Hittudományi Folyóirat szerkesztője és kiadója, a korszak egyik legjelentősebb hazai neoskolasztikus bölcselője volt.
A Bölcseleti Folyóirat erőteljesen pozitivizmus- és modernségellenes hangvételű volt, nagyon határozottan Szent Tamás tanai és a skolasztika felújítása mellé állt, Bacon, Descartes, Locke, Spinoza, Kant és Hegel ellenében. Az első számhoz írt bevezetőjében a szerkesztő így határozta meg kiadói hitvallását: „… oly szakközlönyt kivánunk megindítani, melynek czélja a keresztény bölcselettudomány művelése, szelleme a katholikus egyház ó-kori és közép-kori nagy bölcselkedőinek szelleme. … Nincs tehát egyéb hátra, mint a józan bölcselet fonalát ott, hol erőszakosan megszakíttatott, fölvennünk és továbbfonnunk.” A második évfolyam bevezetőjében mégegyszer kijelenti: „A keresztény szellemű bölcselkedésnek a renaissance által megszakított fonalát fölvesszük, tovább szőjjük, felhasználva mindazt, mit szerintünk igazat az újabb bölcselet, az újabb tudomány felmutat.”
„…közlönyünk tárgyául a bölcselettudományt valljuk, abba a gondolkodástanon, a metaphysikán és a természeti erkölcstanon kívül a társadalomtudományt, az aesthetikát, a történet bölcseletet, a művelődéstörténetet s az összehasonlító vallástudományt is belefoglaljuk. … Tehát minden egyes füzet a következő részekből fog állani: I. Értekezések. II. A bölcselettudományt illető mozgalmak hazánkban és a külföldön; a bölcselettudomány előadása hittani intézeteinkben; tankönyvek és tantervek megbeszélése. III. A bölcselettudomány magyar nyelve. IV. Bölcselettudományi művek és folyóiratok ismertetése és jelzése (Irodalmi értesítő)”
Kiss János mindvégig egyenletes színvonalú szerkesztői munkájának köszönhetően a magyarországi neoskolasztika legjelentősebb fórumává vált a folyóirat. A magyar nyelvű filozófiai publikációk önálló fóruma volt. Ösztönözte a hazai filozófiai diskurzusokat, feladatának tekintette a filozófiai műveltség terjesztését, kiemelten fontosnak tartotta a filozófia magyar nyelvének ügyét, illetve elsősorban a bölcselet hazai művelői számára kívánt publikációs lehetőséget, s egyben szellemi közeget teremteni.
Kiss János kezdeményezésére 1892-ben megalakult az Aquinói Szent Tamás Társaság, amely a bölcselettudomány akkoriban fellendülő neotomista mozgalmának volt a legfontosabb fóruma, hivatalos közlönye a Bölcseleti Folyóirat. Szent Tamás szellemében a modern tudományos eredmények és a keresztény bölcselet összeegyeztetésére, illetve a katolikus bölcselet továbbfejlesztésére volt hivatott. A Társaság a későbbiekben nagy szerepet játszott a Bölcseleti Folyóirat életében: a lapban megjelent értekezések nagy része a Társaság ülésein elhangzott dolgozatok közül került ki.
