1841. áprilisában Bugát Pál, az elméleti orvostan professzora bejelentette, hogy társulatot kíván létrehozni a természettudományok művelésére és terjesztésére, és egy aláírási ívet köröztetett, amit 134-en írtak alá, szinte valamennyien a természettudományok oktatásában és művelésében lényeges szerepet játszók közül. A társulat alakuló ülését, melyen Kubinyi Ágoston elnökölt, 1841. június 13-án tartották, jóváhagyták az alapszabályokat és megválasztották a tisztikart. Elnök Bugát Pál, másodelnök Kubinyi Ágoston, első jegyző (tulajdonképpen titkár) Vajda Péter lett.„A magyar természettudományi társulat czélja hazánkat természettudományilag megismerni, ennek rejtett kincseire honosinkat s illetőleg a külföldet figyelmeztetni, a külföldön virágzó természeti tudományokat honunkba átültetni, azokat a tanodák szűk falai közöl az élet tág mezejére átvinni, az élethez közelebb eső egyesületeknek segédkezeket nyujtani, az alsóbb, vagy is népi és felsőbb, az az tudományos nevelésre közvetve befolyván honunkban a természeti tudományokat terjeszteni, s a magasztos czél elérésére a hazában található minden tudományos capacitásokat és ügybarátokat központosítani.”A társulat célkitűzéseit, alapszabályait tekintve lényegében akadémia jellegű intézményként működött, a tagokat ajánlással vették fel, és székfoglaló előadást kellett tartaniuk. Szakosztályokat alakítottak, rendszeresen tartottak előadóüléseket, pályázatokat írtak ki, és megkezdték a különböző természettudományi gyűjteményének kialakítását - azaz kezdetben nem csupán az Akadémia, hanem a Magyar Nemzeti Múzeum funkcióját is el kívánták látni. Mivel a gyűjtemény elhelyezése hamarosan szinte megoldhatatlan feladatot jelentett, azt a Nemzeti Múzeumnak adományozták.A társulatot a hatalom először csak magánegyesületként ismerte el. Ahhoz, hogy országos egyesület lehessen és tagjai számára oklevelet állíthasson ki, a Helytartótanácshoz kellett folyamodnia, és a királyi házból való pártfogót szereznie. Pártfogóul a magyarbarát és természetkedvelő István főherceget, a későbbi nádort nyerték meg, és „a társulat cziméhez a királyi odatoldatni jónak találtatott”. Így 1843 júniusától a hivatalos név: Királyi Magyar Természettudományi Társulat.1846 végén jelent meg „A Kir. Magyar Természettudományi Társulat Évkönyvei” sorozat első kötete Török Pál szerkesztésében, amely a társulat első öt évében a szaküléseken elhangzott előadások legjavát közölte. A második kötet már a szabadságharc után jelent meg, az 1845-1850 közötti évek, a harmadik kötet 1851-1856, a negyedik pedig az 1857-1859 közötti esztendők közleményeiből válogat.