A 80-as évek második felében vetődött fel először, hogy a Komárom-Esztergom megyében született, ill. a megyéről készült társadalom- és természettudományi tanulmányok publikálására rendszeres megjelenési fórumot kellene biztosítani. A megye tudományos ösztöndíjasainak ebben az időszakban született tanulmányai kínálták a lehetőséget, hogy ezek megjelentetése valamilyen formában folyamatos legyen. Példaként állott az alapítók előtt a 200 évvel azelőtt kiadott komáromi Mindenes Gyűjtemény Péczely József szerkesztésében, mely „komolyabb irányú népszerűsítő közlöny” volt a maga korában, s folytatható hagyományt és mércét jelenthetett egy újonnan induló folyóirat szerkesztői számára.Természettudományi tanulmányok gyűjteményeként jelent meg az első szám 1988-ban, s a kiadvány a keresztségben a Limes nevet kapta. E szám beköszöntőjében – melyben a lap azóta is érvényes koncepcióját megfogalmazták – az alapítő-főszerkesztő, Virág Jenő így indokolta a névválasztást:„Valamikor – történelmi metronómmal mérve nem is olyan régen – itt, a Duna vonalán húzódott az egykori Pannónia határvidéke. Őrtornyok sora vigyázta a tájat a folyó mentén, amelyet ugyan akkor másképp hívtak, de medre éppúgy természetes határ, limes volt, mint ma. A térképre nézve látszik: a mai Komárom–Esztergom megye szinte rátapad erre a limesre: összenőtt vele, összetartoznak. Ám ahogy elválaszt, össze is köt a hömpölygő folyam…”Egy tudományos jellegű folyóirat kiadásának legfőbb indítéka – a tradíciók tudatos vállalásán, őrzésén és folytatásán túl – az a felismerés volt, hogy a tudományosság, a megye szellemi életének fejlődéséhez elengedhetetlenül szükséges alkotói műhelyek kialakítása, működtetése. Ennek megvalósulási formája lehet – egyéb, tudományos intézmények (pl. kutatóintézetek, főiskolák, egyetemek) hiányában – egy folyóirat megszerveződése, szerkesztőkkel, munkatársakkal és sok-sok szerzővel. A Limes e feladat megvalósítását tűzte célul maga elé, s szerény anyagi lehetőségei ellenére ezt a műhelyt az elmúlt évek alatt kialakította és negyeedszázadon át működtette. Felmutatva a folyóirat hasábjain a szűkebb és a tágabb régió múltjának, országainak, népeinek kötődéseit, kapcsolatait, konfliktusait és elválásait. Hiánypótló szerepet betöltve ezáltal a megye, a régió tudományos életének alakításában–fejlesztésében, s ide kapcsolva ma már az ország, sőt a határon túli magyar tudományosság legjelesebb képviselőit. Koncepciójának bővülésével pedig – egyfajta közép-európai kitekintésű szemleként – fontos funkciót és feladatot vállalt az ország folyóirat-struktúrájában is.
