Az idők során több folyóirat is létezett ezen a néven (Magyar Sionnak nevezik képletesen Esztergom városát, amennyiben benne székel Magyarország hercegprímása, mint a magyar katolikus egyház feje), de talán a legnagyobb jelentőségű az 1863 és 1904 között megjelent, Knauz Nándor alapította Magyar Sion katolikus egyháztörténeti folyóirat volt. Eredetileg elsősorban a magyar egyház történelmének feltárását tűzte ki célul, amint azt „Tájékozásul” című bevezetőjében Knauz írja is: „Hazánk már meglelte történetíróit. … De egyházunk mindhiába várta dicsőségének tüzetes és kisebb részletekre is kiterjeszkedő megíróját.” A szerkesztőváltások során e jellege fokozatosan átalakult és a különféle tudományterületekről érkezett magas színvonalú tanulmányok révén a magyar egyházi tudományosság meghatározó folyóiratává vált. Olyan neveket tudhatott szerkesztői sorában, mint Ipolyi Arnold, Majer István, Rimely Károly, Samassa József, Somogyi Károly, Sujánszky Antal, később Fraknói Vilmos, Zádori János, Horváth Ferenc, Kereszty Viktor, Prohászka Ottokár és Walter Gyula. A folyóirat nyitott volt a természettudományok felé is, igyekezett figyelemmel kísérni más vallásfelekezetek, különösen a protestánsok, tevékenységét. Tudósított a korszak számos fontos eseményéről, mint pl. az I. Vatikáni Zsinatról. Egyre nagyobb teret engedett a közéletiségnek a szociális kérdés felkarolása, valamint a katolikus autonómia lelkes szorgalmazása által. Bár tudományos cikkeket a lap továbbra is közölt, de ezek már különböző tudományterületekről érkeztek, ezek mellett jelentősen megnőtt a hitéleti, szociális, kulturális, egyházpolitikai, közéleti értekezések száma.
Kereszty Viktorral, az egykori szerkesztővel együtt „bátran mondjuk, hogy e tartalmas értekezések annyira nem vesztettek a letűnt évtizedek folyamán sem becsökből, hogy a ’Magyar Sion’ … még ma is valóságos kincsesháza a magyar egyháztörténelmi adatoknak és okmányoknak”.